Ubuntu: file NTFS che si cancellano

Buon pomeriggio. Sul mio portatile ho una doppia installazione con Ubuntu 13.10 e Windows 7 64 bit in dual boot. Poiché ho necessità di lavorare sugli stessi file da entrambi i sistemi operativi, ho una partizione NTFS accessibile da entrambi. Ho lasciato un programma di analisi avanzata di immagini a girare tutta la notte su Ubuntu: il programma è installato sulla partizione EXT4 di Ubuntu ma tutti i file su cui lavoro sono sulla partizione NTFS; questa mattina verifico i risultati, apro alcuni dei file creati senza problemi, quindi chiudo il sistema operativo e vado a lavoro. Ora mi accorgo che il file .sh su cui ho scritto l'elenco dei comandi da eseguire non c'è più nella sua cartella (sul disco NTFS), ma riesco, da Windows, a recuperare il file di backup .sh~. Lì perfortuna ritrovo tutto, quindi ritorno su Ubuntu ma mi accorgo che tutti i file e le cartelle creati questa notte ora non ci sono più. Addirittura mi è parso di aver assistito in diretta alla scomparsa di una cartella: poco prima avevo visto la sua icona (quella gialla), poi sono uscito, sono rientrato e adesso al suo posto c'era il nome ella directory con un punto interrogativo accanto al tipo di file (in pratica non era più riconosciuta come directoy). Sono riuscito dal SO e rientrato su Windows e questa volta è partito CHKDS che ha trovato svariati errori dei descrittori di protezione dei file. Uno dei file (quello .sh da cui tutto era partito) ora è ricomparso nella directory originaria, ma tutte le cose create stanotte no.

Mi chiedo come sia possibile che tutte le cose create questa notte si siano cancellate (o almeno non siano più accessibili), soprattutto dopo che le avevo aperte questa mattina. Ho fatto un test SMART sul disco ma non riporta errori.

Segnalo anche che ogni volta che avvio Ubuntu ricevo una o più segnalazioni di errore di sistema (ho letto però che questa è una cosa frequente che dipende da un bug del SO).

Qualche idea per cui Ubuntu dovrebbe fare ciò su un disco che non sembra danneggiato?

Grazie.

Stefano