Salve a tutti, premetto che non sono un'esperta di informatica ma per necessità lavorative devo utilizzare programmi su linux, quindi chiedo anticipatamente scusa per le cose che potrò scrivere/chiedere. Sto cercando di lanciare un programma con ruby ma ho il seguente messaggio di errore:

- /usr/local/lib/site_ruby/2.1.0/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:54:in `require': cannot load such file -- bix (LoadError)
    from /usr/local/lib/site_ruby/2.1.0/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:54:in `require'
    from /home/user/parente2-v0.1/phasing/correct-missing-data.rb:3:in `<main>'

La versione di ruby è 2.1.2p95.
Grazie per qualsiasi aiuto.

chiesto 17 Set '15, 10:34

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CC_2015
101

modificato 17 Set '15, 13:41

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enzotib ♦♦
14.0k112186

Di quale programma si tratta esattamente? Sembra che ti manchi qualche dipendenza...

(17 Set '15, 15:22) dadexix86 ♦♦ dadexix86's gravatar image

Il programma si chiama Parente2, effettua analisi di dati di tipo genetico. Grazie.

(17 Set '15, 15:30) CC_2015 CC_2015's gravatar image

Esattamente a quale punto della procedura di utilizzo (come spiegata nella NOTES) ti viene restituito quell'errore? Qual è il comando di input che utilizzi?

Conviene che utilizzi Pastebin per postarci tutti i comandi che dai a terminale e gli output che ne ricevi, così che la situazione ci sia più chiara.

(17 Set '15, 15:36) dadexix86 ♦♦ dadexix86's gravatar image

Sono analisi che ho effettuato in più giorni perché abbastanza lunghe, comunque riassumendo il punto di partenza è questo:

  1. hapi-ur-1.01/hapi-ur --seed $(($RANDOM * 171)) -p unphased/study-$chr -w 67 -o phased-with-missing/study-$chr
    Ha creato i file che mi aspettavo creasse.
  2. ./ph-to-tped.rb /home/user/parente2-v0.1/phasing/phased-with-missing/study-$chr phased-with-missing/study-$chr & done
    Ha creato tutti i file nel modo corretto (penso)
(17 Set '15, 15:54) CC_2015 CC_2015's gravatar image
  1. ./plink --noweb --tfile phased-with-missing/study-$chr --out phased-with-missing/study-$chr --freq
    Anche qui tutto ok
  2. ./correct-missing-data.rb /home/user/parente2-v0.1/phasing/phased-with-missing/study-$chr > phased-without-missing/study-chr.tped

In un primo momento ho installato ruby con sudo apt-get install ruby. E non ho avuto problemi nel punto 2). Arrivata al punto 4) ho avuto quel messaggio di errore, allora ho disinstallato ruby e installato rvm e provato a dare il comando con "rvm all do ruby", ma il messaggio di errore è sempre lo stesso.

(17 Set '15, 15:55) CC_2015 CC_2015's gravatar image

Mah, guarda, è talmente poco documentato che l'errore potrebbe essere ovunque, a cominciare dal fatto che magari la tua versione di Ruby è troppo recente.

Trattandosi di programma proprietario inoltre è impossibile andare a investigare nei sorgenti del codice dove possa essere il problema e cosa possa andare storto.

L'unica è che contatti il supporto, loro sapranno aiutarti certamente meglio di quanto possiamo fare noi :)

(17 Set '15, 16:09) dadexix86 ♦♦ dadexix86's gravatar image

Proverò a contattare loro. Ti ringrazio comunque per l'interessamento!

(17 Set '15, 16:32) CC_2015 CC_2015's gravatar image
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domanda posta: 17 Set '15, 10:34

domanda visualizzata: 245 volte

ultimo aggiornamento: 17 Set '15, 22:42

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