Clonare HDD (win+ubuntu) su SSD più grande

Rispondo punto per punto, che è più facile...

1) si può utilizzare Gparted copiando le partizioni una per una o ci sono controindicazioni? Mi darebbe problemi (in particolare con la partizione EFI, con quella sda3 che non conosce e con l'avvio di Win10)? In ogni caso, copiare una partizione consiste nel clonarla in tutto e per tutto?

Se volessi spostare una partizione Linux ti direi che puoi farlo senza pensarci troppo (ovviamente fatti un backup per sicurezza!!!) ma per Windows 10, rabbrividisco al solo pensiero.
Windows 10 ha tutta una serie di protezioni per impedirti di installarlo su più computer quando non puoi, e temo che esploda solo a provarci.

Per sicurezza, prima di procedere contatta il supporto Microsoft.

2) nel caso vada bene GParted, posso utilizzare quello installato nell'Ubuntu sul disco fisso, anziché da LiveUSB, dal momento che si trova sullunica partizione che non verrà nemmeno guardata?

Quando lavori su partizioni, conviene sempre che lavori da live, in modo che se qualcosa va storto e ti si frega il disco (se si corrompe la tabella, ad esempio, anche la partizione da cui sta lavorando viene persa), il sistema resta stabile,

3) il grub verrà copiato senza problemi?

Se non modifichi gli UUID delle partizioni, non avrai problemi. Ma reinstallare GRUB è una passeggiata, a meno che tu non abbia UEFI, ma dato che vuoi reinstallare Ubuntu, GRUB verrà reinstallato quando reinstalli Ubuntu.

4) ha senso utilizzare due partizioni distinte per Windows (C: sistema e D: dati)? e conviene per ubuntu avere la /home anch'essa in una partizione separata? in tal caso quanto spazio dedico al solo sistema?

Per Windows, non ti so dire, dipende da come lo usi. Per Ubuntu assolutamente sì, così se devi reinstallare/avanzare/riparare ecc non perdi i tuoi dati personali, le tue impostazioni, e tutto il resto che viene messo in /home.

Io personalmente ho 30GB per /, 8 per swap e il resto del disco a /home (quindi circa 450GB), ma sta a te vedere quanto disco usi.

5) tutte le ultime volte che ho utilizzato delle LiveUSB create con Unetbootin o con il creatore di immagine disco di Ubuntu ho avuto dei problemi, anche su chiavette diverse: potrebbe essere un problema di unetbootin che corrompe in parte l'immagine e causa un effetto a catena oppure un'incompatibilità con il mio hardware?

Unetbootin è noto per avere parecchi problemi ultimamente... Se sei su Windows usa rufus, se sei su Ubuntu usa il creatore dischi di avvio.

Per quel che riguarda incompatibilità hardware, è impossibile dirtelo senza sapere qual è! :